Gli stakeholder e la "main audience" del progetto AQUALIFE vanno in qualche misura considerati come due diversi gruppi. 

Gli stakeholder sono coloro che sono a vario titolo coinvolti nell'uso della risorsa "acqua":

• ENEL o altri enti che operano nel settore dello sfruttamento idroelettrico;
• Imprenditori agricoli che usano l'acqua per irrigazione ed utilizzano fertilizzanti e pesticidi;
• Allevatori che utilizzano antiparassitari e accumulano deiezioni animali ricche di nitrati;
• Enti e consorzi di bonifica;
• Amministrazioni Comunali responsabili della gestione dei depuratori;
• Enti acquedottistici e/o gestori del ciclo idrico integrato;
• Regioni e Province – settore Opere Pubbliche e Genio Civile.

Queste figure traggono benefici diretti dallo sfruttamento della risorsa idrica ma nello stesso tempo devono valutare gli impatti eventualmente generati e definire soluzioni per la mitigazione degli stessi, secondo quanto stabilito dalla WFD (Direttiva 2000/60/CE), recepita a livello nazionale dal D. Lgs. 152/2006, e a livello regionale Italia, dai PTA (piani di tutela delle acque). Tutti i PTA, infatti, chiedono la tutela della biodiversità e degli habitat in ottemperanza alla Direttiva Habitat.

Il progetto AQUALIFE educa ed aggiorna gli stakeholder dei rischi presenti e futuri connessi alle rispettive attività con le numerose attività di disseminazione previste dal progetto stesso.

Ad esempio, lo sfruttamento idroelettrico della risorsa idrica potrebbe beneficiare degli ouput progettuali, principalmente se gli impianti sono localizzati in aree protette, integrando e liberando dal conflitto produzione economica e tutela degli habitat e della biodiversità. L'output AQUALIFE — compreso il suo prodotto principale, il sistema di indicatori — potrebbe portare a cicli di estrazione e rilascio di acqua dagli impianti di produzione idroelettrica in modo da minimizzare i potenziali effetti negativi su altre attività umane a valle degli impianti stessi, e sulla biodiversità a monte e a valle degli impianti, senza perdita di profitto.

Anche gli enti preposti al contenimento del rischio idraulico trarranno beneficio dagli output di AQUALIFE, poiché il manuale a 360ᵒ a supporto del software non solo spiegherà il valore economico e funzionale della biodiversità che viene persa con le regimazioni e rettificazione degli alvei fluviali, quasi sempre accompagnate da devegetazione spondale, ma fornirà anche uno strumento (sistema esperto) per valutare l'entità della perdita di biodiversità o il grado di minaccia alla stessa. Tale informazione sarà utile per passare ad altre procedure di ripristino ambientale, meno invasive e anche perduranti, di contenimento del rischio idraulico. Questi approcci troveranno anche consenso nella cittadinanza, perché il mantenimento della funzionalità dei GDE si riflette nel mantenimento della sua biodiversità che, oltre al suo valore intrinseco etico ed estetico, forse non a tutti comprensibile (cfr. la CBD, 1992), ha un ruolo decisivo nell’autodepurazione degli ecosistemi acquatici, attraverso la degradazione della sostanza organica. AQUALIFE fornisce quindi uno strumento utile per istruire sulla problematica e su come mitigare l'impatto sulla biodiversità, una volta che questo sia stato misurato e a questo sia stato attribuito un certo valore di perdita della biodiversità (AQUALIFE expert system).

La "main audience" è rappresentata, invece, da enti e persone che potrebbero a vario titolo essere interessate a utilizzare il pacchetto AQUALIFE, come ad esempio:

• Ricercatori
• Autorità di bacino
• Enti preposti al monitoraggio e alla conservazione della biodiversità (ad esempio, Regioni, ARPA, Aree protette)

In questo caso non esistono conflitti di sorta. La ricerca scientifica, le autorità di bacino, regioni e parchi hanno bisogno di strumenti pratici e di facile accesso che consentano loro di valutare gli impatti reali e potenziali di progetti ed opere. L'expert system di AQUALIFE, pensato per facilitarne l'uso da parte di tutti, può anche aiutare il singolo cittadino a formare una opinione basata sui fatti e di prendere decisioni informate su problematiche ambientali centrate sulla sempre più preziosa risorsa acquatica.